matplotlib.pyplot の hist2d では、ビンの値が0のとき、背景を無色(白)にできない。
np.ma.masked_where を使い指定する値(以下の例では0)のbinの内容 type を numpy.ma.core.MaskedConstant にすると、 plt.pcolormesh で描画したときにmask部分が塗りつぶされなくなる。
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import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt np.random.seed(0) n = 100000 x = np.random.randn(n) y = (1.5 * x) + np.random.randn(n) # ビンの数、範囲を指定 nbin_x = 20 nbin_y = 32 range_x = (-5,5) range_y = (-8,8) # histgram2dを使ってヒストグラムを生成する Z, X, Y = np.histogram2d(x,y,bins=[nbin_x,nbin_y],range=[range_x,range_y]) Z = np.rot90(Z) # np.histogram2dの仕様上必要 Z = np.flipud(Z) # np.histogram2dの仕様上必要 # 値が0をマスクする Z_masked = np.ma.masked_where(Z==0,Z) # ヒストグラム生成 plt.pcolormesh(X,Y,Z_masked) plt.xlabel('x') plt.ylabel('y') cbar = plt.colorbar() cbar.ax.set_ylabel('Entries') plt.show()
ちなみに、愚直な方法でヒストグラムを作った場合=検証用
import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt np.random.seed(0) n = 100000 x = np.random.randn(n) y = (1.5 * x) + np.random.randn(n) # ビンの数、範囲を指定 nbin_x = 20 nbin_y = 32 range_x = (-5,5) range_y = (-8,8) # 愚直な方法でbinを詰める X, Y = np.mgrid[0:nbin_x+1:1.0, 0:nbin_y+1:1.0] Z=X*0 wbin_x = (range_x[1]-range_x[0])/nbin_x wbin_y = (range_y[1]-range_y[0])/nbin_y for vx,vy in zip(x,y): bin_x = (vx-range_x[0])//wbin_x bin_y = (vy-range_y[0])//wbin_y if bin_x<0:continue if bin_y<0:continue if bin_x>=nbin_x:continue if bin_y>=nbin_y:continue Z[int(bin_x),int(bin_y)]+=1 X*=wbin_x X+=range_x[0] Y*=wbin_y Y+=range_y[0] # 値が0をマスクする Z_masked = np.ma.masked_where(Z==0,Z) # ヒストグラム生成 plt.pcolormesh(X,Y,Z_masked) plt.xlabel('x') plt.ylabel('y') cbar = plt.colorbar() cbar.ax.set_ylabel('Entries') plt.show()